相比南疆其他地区，喀什的戕官运动是影响最大的。喀什虽地处偏远，但作为南疆重镇，“为全省富庶之区，饷源所出，关系重要”。因此，受到袁大化的重视，他把喀什作为保饷源，保新疆的一个重要基地。

袁鸿佑遇刺后，南疆基本上成了革命党人的天下，迪化也是“风声鹤唳，人心惶骇”。于是，袁大化再也坐不住了，只得向袁世凯举荐杨增新为都督。

杨增新自从被金兆龙赶出南疆后，他以镇压革命为名，招募迪化附近的回民当兵，组成回队五营，称为“新军”。然南疆戕官运动爆发后，袁大化让他带兵到南疆平乱，他百般敷衍，按兵不动，他还积极摆出拥护“共和”，力促新伊“和解”的姿态。因此，不少伊犁军民受到欺骗，都十分属意杨增新出任都督。

北京袁世凯政府发布命令，任命杨增新为新疆都督。袁大化被迫宣布辞职。载澜也携眷绕道西伯利亚，经库伦返回沈阳。杨增新凭借其精明与实力上台，受袁世凯密令，继续主持与伊犁和平谈判，同时“剿抚”南疆，镇压伊犁以外南疆各地的革命运动。

然而，袁大化去职以及主和派杨增新上台，却在军队中引发了不小的**。新疆陆军因为受到杨增新的排挤而极度不满，尤其是原先叛变伊犁的蔡乐善部，非常害怕和谈成功后遭到伊犁方面的报复，因此情绪激愤。于是，有人建议蔡乐善发动兵变，制造紧张空气，甚至杀掉杨增新，以破坏袁大化东归企图。

杨增新新任都督时，蔡部官兵在迪化骑马绕城，大呼开枪，制造混乱。杨增新则添募回队千人，准备镇压，战争一触即发。袁大化担心局势进一步恶化，决定从速离开迪化。于是，第二天清晨，他带领部属多人悄悄出城，离开省城，后经哈密回到关内。至此，杨增新正式接管了迪化。